MirGeneDB ID | Ocu-Mir-506-P1h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-509c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-506-P1f Ocu-Mir-506-P1g Ocu-Mir-506-P2a Ocu-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P4 Ocu-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0002: 10687771-10687828 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1h) |
Mir-506-P5
chrUn0002: 10678464-10678522 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1h chrUn0002: 10687771-10687828 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrUn0002: 10694554-10694611 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrUn0002: 10705716-10705773 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a chrUn0002: 10707176-10707233 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1g chrUn0002: 10711587-10711644 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1f chrUn0002: 10723771-10723827 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUCCCUGGAUACACUGUGUGCUGUGCUCUACUCAAGACAGUGGCAAUCAUGUAUAAUUAAAUAUGAUUGACACGUCUAUGAGUGGAAUAAGGCAUGACACAUACUACGUAAGUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCCUGGAUACACU- - G C -| A G UAUA GU GUGCU UG UCUACUCA AGAC GUG CAAUCAUG A CA UACGG AU AGGUGAGU UCUG CAC GUUAGUAU U UAGUGAAUGCAUCAUACA G A A A^ - A AAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-506-P1h_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCAAGACAGUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Mir-506-P1h_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0048518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAUUGACACGUCUAUGAGUGGA -58
Get sequence
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