MirGeneDB ID | Pma-Mir-23-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-23a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-23-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-23-P1 Gmo-Mir-23-P1 Lch-Mir-23-P1 Loc-Mir-23-P1 Mal-Mir-23-P1 Sto-Mir-23-P1 Tni-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046103.1: 7155810-7155873 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-o1) |
Mir-24-o1
NC_046103.1: 7153250-7153310 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-o1 NC_046103.1: 7153880-7153942 [-] UCSC Ensembl Mir-23-o1 NC_046103.1: 7155810-7155873 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUGCAAGUGGGCCUGUGCCUUUGCUGAGUGGGGUUCCUGGCACGGUGAUUUGUAAUGUGCAGAGACAAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCGCUCAGUGAUUGGCGUUUCUCCUGGAUCGACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUGCAAGUGGGCCUGU- U- UG -| CG GUAAUGUG GCC U CUGAGUGG GGUUCCUGGCA GUGAUUU \ CGG A GACUCGCC UUAGGGACCGU CACUAAA C UCAGCUAGGUCCUCUUUG UU GU A^ UA AACAGAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-23-o1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0019402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGUUCCUGGCACGGUGAUUU -22
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-23-o1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0019403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCGC -64
Get sequence
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