MirGeneDB ID | Gmo-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-23a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-23-P2b Gmo-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-23-P1 Lch-Mir-23-P1 Loc-Mir-23-P1 Mal-Mir-23-P1 Pma-Mir-23-o1 Sto-Mir-23-P1 Tni-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig135158: 805-865 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P1) |
Mir-27-P1
contig135158: 456-519 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-23-P1 contig135158: 805-865 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGGCUGCUGAUUGCUUGCUCCAGCUGGAGGGAUUCCUGGCAGAGUGAUUUUGUUGUGAUGUCAUGUAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACCAGCUGCAGCCCCACUGCAGCACCCAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGGCUGCUGAUUGCUU- C A--|GG A UGUUGUG GCU CAGCUGG G AUUCCUGGCAG GUGAUUU A CGA GUCGACC C UAGGGACCGUU CACUAAA U AGACCCACGACGUCACCC C AAC^UU A UGUACUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-23-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0044004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUUCCUGGCAGAGUGAUUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-23-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0044005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCA -61
Get sequence
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