MirGeneDB ID | Gmo-Mir-23-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-23a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-23-P1 Gmo-Mir-23-P2b Gmo-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-23-P4 Dre-Mir-23-P4a Lch-Mir-23-P4 Loc-Mir-23-P4 Mal-Mir-23-P4a Sto-Mir-23-P4 Tni-Mir-23-P4a Xtr-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1112: 351353-351416 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P4a) |
Mir-24-P4a
GeneScaffold_1112: 349423-349481 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4a GeneScaffold_1112: 350547-350610 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P4a GeneScaffold_1112: 351353-351416 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCUGCUCAGACCAUUGCUGUGGUGGGGGGGGUUCCUGGCACCGUGAUUUGGUGCACAAAGAGAAACAAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCACUCCUUCACAGCUCGCCUGGCAUCCCAGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCUGCUCAGACCAUU- U - -| GG CC GGUGCACAA GCUGUGG GG G GG GUUCCUGGCA GUGAUUU \ CGACACU CC C CC UAGGGACCGU CACUAAA A CAGACCCUACGGUCCGCU U U A^ UU UA AACAAAGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-23-P4a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGUUCCUGGCACCGUGAUUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-23-P4a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0044005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCA -64
Get sequence
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