| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-24-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-24a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-24-P1 Gmo-Mir-24-P2b Gmo-Mir-24-P3 Gmo-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-24-P4a Lch-Mir-24-P4 Loc-Mir-24-P4 Mal-Mir-24-P4a Sto-Mir-24-P4 Tni-Mir-24-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1112: 349423-349481 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P4a) |
Mir-24-P4a
GeneScaffold_1112: 349423-349481 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4a GeneScaffold_1112: 350547-350610 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P4a GeneScaffold_1112: 351353-351416 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGUACGGUCCUUCCAGGUCUACCCCUCCCGUGCCUACUGAACUGGUAUCAGUGUUUUAUCUGAAACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACCGAAGUGGUAGCCGUAGUCCCAAACUGAUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCGUACGGUCCUUCCAGGU--| C CC UG- A UA GUUUU CUACC CU CG CCU CUGAACUGG UCAGU A GAUGG GA GC GGA GACUUGACU GGUCA U ACUUAGUCAAACCCUGAUGCC^ U A- CAA C C- AAGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Drosha cuts -1 and +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-24-P4a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAACUGGUAUCAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-24-P4a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACCG -59
Get sequence
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