| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCCUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-24b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-24-P1 Gmo-Mir-24-P2b Gmo-Mir-24-P3 Gmo-Mir-24-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-24-P4 Loc-Mir-24-P4 Mal-Mir-24-P4b Sto-Mir-24-P4 Tni-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2105: 1931716-1931773 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P4b) |
Mir-27-P4b
GeneScaffold_2105: 1930293-1930354 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-24-P4b GeneScaffold_2105: 1931716-1931773 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGACCCCUGGGUUAGGGUUUAUGUACUCCUGUGCCUACUGUACUGGAAUCAGUGUGACCAUGAAACUGGCUCAGUCCAGCAGGGACAGCAGUGAGACCCGAUUUCUGGACCAAUGCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGACCCCUGGGUUAGGGUUUAUG--| C G A U G AU GUGAC UACU CUGU CCU CUG ACUG A CAGU \ GUGA GACA GGA GAC UGAC U GUCA C GCCGUAACCAGGUCUUUAGCCCAGA^ C G C C - CG AAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-24-P4b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGUACUGGAAUCAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-24-P4b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGGCUCAGUCCAGCAGGGACAG -58
Get sequence
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