MirGeneDB ID | Xtr-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-23a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-23-P2 Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-23-P4 Dre-Mir-23-P4a Gmo-Mir-23-P4a Lch-Mir-23-P4 Loc-Mir-23-P4 Mal-Mir-23-P4a Sto-Mir-23-P4 Tni-Mir-23-P4a Xla-Mir-23-P4c Xla-Mir-23-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 73605123-73605184 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P4) |
Mir-23-P4
chr4: 73605123-73605184 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4 chr4: 73605412-73605473 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGACUCUAUUUUUCACUCUGUGGCUGGUAGGAUUCCUGGCAGAGUGAUUUGGAAAUGUAUGGUACAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAAUCAGUCCCGGGCCAAUCAUCCUCCUCUUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGACUCUAUUUUUCAC-- U A --| A GGAAAUG UCUG GGCUGGU GGA UUCCUGGCAG GUGAUUU U GGGC CUGACUA CCU AGGGACCGUU CACUAAA A CGUUCUCCUCCUACUAACC C A UU^ A ACAUGGU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-23-P4_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUUCCUGGCAGAGUGAUUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-23-P4_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAA -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-23a |