MirGeneDB ID | Xtr-Mir-27-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-27c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-27-P2 Xtr-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-27-P4 Dre-Mir-27-P4a Gmo-Mir-27-P4a Gmo-Mir-27-P4b Lch-Mir-27-P4 Loc-Mir-27-P4 Mal-Mir-27-P4a Mal-Mir-27-P4b Sto-Mir-27-P4 Tni-Mir-27-P4a Tni-Mir-27-P4b Xla-Mir-27-P4c Xla-Mir-27-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 73605412-73605473 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P4) |
Mir-23-P4
chr4: 73605123-73605184 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4 chr4: 73605412-73605473 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGUACAAUAUUGGAAUCCUCUAGAGAGGCAGGACUUAGCUGGCUCUGUGAACAGGUCUUGUGUGUCAAUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCACCCCACUGGGAAACAUCAUUCUGUAUGUGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGUACAAUAUUGGAAUCC--| AGA CA GCU GGUCUUG UCUAG GG GGACUUAGCUG CUGUGAACA \ GGGUC CC CUUGAAUCGGU GACACUUGU U ACGUGUAUGUCUUACUACAAA^ ACC AC --- AACUGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xtr-Mir-27-P4_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGACUUAGCUGGCUCUGUGAACA -24
Get sequence
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Mature sequence | Xtr-Mir-27-P4_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UUCACAGUGGCUAAGUUCCAC -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-27c |