MirGeneDB ID | Tni-Mir-27-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-27e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-27-P1 Tni-Mir-27-P2b Tni-Mir-27-P3 Tni-Mir-27-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-27-P4 Dre-Mir-27-P4a Gmo-Mir-27-P4a Lch-Mir-27-P4 Loc-Mir-27-P4 Mal-Mir-27-P4a Sto-Mir-27-P4 Xtr-Mir-27-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
1: 16059190-16059253 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P4a) |
Mir-23-P4a
1: 16058804-16058867 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4a 1: 16059190-16059253 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAACUCAGCCACCCUCUUGCUGAAGGCACAGAGCUUAGCUAAUUGGUGAGCAUUGAUCCCUGCUAUGUGUUGUUCACAGUGGCUAAGUUCAGUGCCUGAGGUGAAAUAGUUGAUUCGGCAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAACUCAGCCACCCUC--|UG GA A AUUG UUGAUCCC U CU AGGCAC GAGCUUAGCUA GUGAGCA U A GG UCCGUG CUUGAAUCGGU CACUUGU G GAGACGGCUUAGUUGAUAA^GU AG A GA-- UGUGUAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-27-P4a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGCUUAGCUAAUUGGUGAGCA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-27-P4a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UUCACAGUGGCUAAGUUCAGU -64
Get sequence
|