MirGeneDB ID | Dre-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-23a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-23-P2a Dre-Mir-23-P2b Dre-Mir-23-P3 Dre-Mir-23-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gmo-Mir-23-P1 Lch-Mir-23-P1 Loc-Mir-23-P1 Mal-Mir-23-P1 Pma-Mir-23-o1 Sto-Mir-23-P1 Tni-Mir-23-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr2: 33900445-33900503 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P1) |
Mir-23-P1
chr2: 33900445-33900503 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P1 chr2: 33902361-33902423 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P1 chr2: 33905775-33905834 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGGUCAUCUCAUCAAUGGACCAGCUGGAGGGAUUCCUGGCAGAGUGAUUUGGGAUUAUAUCAUAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACCAGCUGUGAACUGUUUACUCCAGGAAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGGUCAUCUCAUCAAUGGAC- A--|GG A GGGAUU CAGCUGG G AUUCCUGGCAG GUGAUUU A GUCGACC C UAGGGACCGUU CACUAAA U GAAAGGACCUCAUUUGUCAAGU AAC^UU A AUACUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-23-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUUCCUGGCAGAGUGAUUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-23-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001790 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCA -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-23a |