| MirGeneDB ID | Spu-Mir-92-o13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Spu-Mir-92-o14 Spu-Mir-92-o15 Spu-Mir-92-o16 Spu-Mir-92-o17 Spu-Mir-92-o18 Spu-Mir-92-o19 Spu-Mir-92-o20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Csc-Mir-92-P13 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000006.1: 26954701-26954769 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o13) |
Mir-92-o16
AAGJ06000006.1: 26944529-26944593 [-]
Ensembl
Mir-92-o15 AAGJ06000006.1: 26944977-26945042 [-] Ensembl Mir-92-o14 AAGJ06000006.1: 26946651-26946718 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCUGGAACUUAUUCUUGAUUCAGACGCUUAGAUAGAGAUGUUUGCAGCUGCCGUGCAGUUAGCUUGUACAAUUCGGCAUUGCACUCAUCUCGGUCUGAACGACUGGAUCGCACUCUACGCAUACAUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCUGGAACUUAUUCUU--| A C A UU C GUGCAGUUAG GAUUCAG CG UUAGAU GAGAUG UGCAG UGCC C CUAGGUC GC AGUCUG CUCUAC ACGUU ACGG U CUUACAUACGCAUCUCACG^ A A G UC - CUUAACAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Spu-Mir-92-o13_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUAGAGAUGUUUGCAGCUGCC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Spu-Mir-92-o13_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- CAUUGCACUCAUCUCGGUCUGA -69
Get sequence
|
