| MirGeneDB ID | Spu-Mir-92-o16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | spu-mir-92a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Spu-Mir-92-o13 Spu-Mir-92-o14 Spu-Mir-92-o15 Spu-Mir-92-o17 Spu-Mir-92-o18 Spu-Mir-92-o19 Spu-Mir-92-o20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000006.1: 26944529-26944593 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o16) |
Mir-92-o16
AAGJ06000006.1: 26944529-26944593 [-]
Ensembl
Mir-92-o15 AAGJ06000006.1: 26944977-26945042 [-] Ensembl Mir-92-o14 AAGJ06000006.1: 26946651-26946718 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGAGCUUUUGUCAACGAAUCUUGUCUUGUAGGUCGUGACUCGUGCCCAAUAUUCAGUGUUACUGCACAUCAAUAUUGCACUUGUCCCGGCCUACUGGAUAGGUUCUAAUCUCCGACAUCAUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGAGCUUUUGUCAACGAAU--| U U UC CC CAGUGUUA CUUGUCU GUAGGUCG GAC GUGC AAUAUU \ GGAUAGG CAUCCGGC CUG CACG UUAUAA C UUUUACUACAGCCUCUAAUCUU^ U C UU -- CUACACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Spu-Mir-92-o16_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGUGACUCGUGCCCAAUAUU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Spu-Mir-92-o16_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUAC -65
Get sequence
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