MirGeneDB ID | Tca-Mir-92-P14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-92c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-92-P3 Tca-Mir-92-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-92 Bge-Mir-92-P14 Cel-Mir-92 Dlo-Mir-92-P14 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 Spu-Mir-92-o14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG7: 1817556-1817612 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P14) |
Mir-92-P14
LG7: 1817556-1817612 [+]
Ensembl
Mir-7 LG7: 1856524-1856585 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAACAUUUUCGAGGAUGGAACGGUCGGUUGGGUCGUGAUUUGUGCAAAUAUGUUAUUUCGUUCAUAUUGCACCAGUCCCGGCCUGACUGCUCUUCCAGGACCACGCCGGGGUGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAACAUUUUCGAGGAU---| C U UG U U A UUAU GGAA GG CGGU GGUCG GAUU GUGCAA UAUG U CCUU UC GUCA CCGGC CUGA CACGUU AUAC U GUUGUGGGGCCGCACCAGGA^ C - GU C C - UUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-92-P14_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0018786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGUCGUGAUUUGUGCAAAUAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-92-P14_3p |
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mirBase accession | MIMAT0018787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UAUUGCACCAGUCCCGGCCUGA -57
Get sequence
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