MirGeneDB ID | Tni-Mir-218-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-218b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-218-P2 Tni-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-218-P3 Gmo-Mir-218-P3 Lch-Mir-218-P3 Loc-Mir-218-P3 Mal-Mir-218-P3 Pma-Mir-218-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
4: 1554674-1554731 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-218-P3) |
Mir-130-P1a2
4: 1515785-1515843 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2a2 4: 1516061-1516123 [+] UCSC Ensembl Mir-218-P3 4: 1554674-1554731 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAUGCCGCCGGCGUUGCCCAGGACCCCAUUGUGCUUGAUCUAACCAUGCAGUGCGUCCUGUGUCCAUGGUUGUGCCAAGCACCUUGGAGGCUUGUGAGCACUUUCCUCUAAGUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGAAUGCCGCCGGCGUUGCC--| A - UU AUC CAGUGCG CAGG CC CCA GUGCUUG UAACCAUG U GUUC GG GGU CACGAAC GUUGGUAC C UUUUGAAUCUCCUUUCACGAGU^ - A UC CGU CUGUGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-218-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0002986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-218-P3_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAUGGUUGUGCCAAGCACCUUG -58
Get sequence
|