MirGeneDB ID | Tur-Mir-279-P27b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tur-mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tur-Mir-279-P26 Tur-Mir-279-P27a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-279 Bpl-Mir-279 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pca-Mir-279-o27 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587308.1: 2463767-2463829 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P27b) |
Mir-279-P27b
HE587308.1: 2463767-2463829 [-]
Ensembl
Mir-279-P27a HE587308.1: 2468600-2468662 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUUAUCCCAUACUGGACACUUUGACUGGAUGAAUGCGUUUCUAGACCAUGUUCAUGUUGAACUAUUCAUGACUAGAUCCACAUUCAUCCAGACAGCCAAUUGAUUUUCAAGACCCUUAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUUAUCCCAUACUGGACACU--| A CGUU AC UUCAUGU UUG CUGGAUGAAUG UCUAG CAUG U GAC GACCUACUUAC AGAUC GUAC G AUAUUCCCAGAACUUUUAGUUAACC^ A ACCU A- UUAUCAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tur-Mir-279-P27b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0023106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUGAAUGCGUUUCUAGACCAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Tur-Mir-279-P27b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0023107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UGACUAGAUCCACAUUCAUCCA -63
Get sequence
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