MirGeneDB ID | Xla-Mir-23-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-23-P2d Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xla-Mir-23-P4c Xla-Mir-23-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-23-P2 Ami-Mir-23-P2 Bta-Mir-23-P2 Cfa-Mir-23-P2 Cli-Mir-23-P2 Cmi-Mir-23-P2 Cpi-Mir-23-P2 Cpo-Mir-23-P2 Dno-Mir-23-P2 Ete-Mir-23-P2 Gga-Mir-23-P2 Gja-Mir-23-P2 Hsa-Mir-23-P2 Lch-Mir-23-P2 Loc-Mir-23-P2 Mdo-Mir-23-P2 Mml-Mir-23-P2 Mmu-Mir-23-P2 Mun-Mir-23-P2 Oan-Mir-23-P2 Ocu-Mir-23-P2 Pbv-Mir-23-P2 Pma-Mir-23-o2 Rno-Mir-23-P2 Sha-Mir-23-P2 Spt-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P2 Tgu-Mir-23-P2 Xtr-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030724.1: 133828882-133828941 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P2c) |
Mir-27-P2c
NC_030724.1: 133829110-133829172 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-24-P2c NC_030724.1: 133829567-133829625 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAACAUUUUGUAAUACCGGUGUGGCUGUUUGGGUUCCUGGCAUGCUGAUUUGUGAGUUAAGAUUAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACACAACCAUGUCCUUGGCGACUCUCAUGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAACAUUUUGUAAUACC-- GU C U -- -| C GUGAGU G GUGG UGU UGG GUUCCUGGC AUG UGAUUU U C UACC ACA ACC UAGGGACCG UAC ACUAAA A AAGGUACUCUCAGCGGUUC UG A C AU U^ - AUUAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-23-P2c_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGUUCCUGGCAUGCUGAUUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-23-P2c_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -60
Get sequence
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