MirGeneDB ID | Xtr-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-33a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P1 Ami-Mir-33-P1 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P1 Cfa-Mir-33-P1 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P1 Cmi-Mir-33-P1 Cpi-Mir-33-P1 Cpo-Mir-33-P1 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P1 Dpu-Mir-33 Dre-Mir-33-P1a Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P1 Gga-Mir-33-P1 Gja-Mir-33-P1 Gmo-Mir-33-P1a Gmo-Mir-33-P1b Hsa-Mir-33-P1 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P1 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P1 Mal-Mir-33-P1a Mal-Mir-33-P1b Mml-Mir-33-P1 Mun-Mir-33-P1 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P1 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P1 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P1 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o1 Pmi-Mir-33 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P1 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P1 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P1 Tni-Mir-33-P1a Tni-Mir-33-P1b Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P1c Xla-Mir-33-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr9: 9608388-9608447 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGUGCACGUAGAUAUGACUGCCGCUGUGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGUGAUAUCAGCGGUGUGCAAUGUGCCUGCAGUGCAACACAGAGGUAGUGCCGGAUCUGCAGCGAGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGGUGCACGUAGAUAUG--| G G UU UGUGAUA ACUGCC CUGUG UGCAUUGUAG GCAUUGCA U UGAUGG GACAC ACGUGACGUC UGUAACGU C AGAGAGCGACGUCUAGGCCG^ A A CG GUGGCGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xtr-Mir-33-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003680 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-33a |
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Star sequence | Xtr-Mir-33-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAAUGUGCCUGCAGUGCAACA -60
Get sequence
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