| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-28 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-28 Cja-Mir-28 Cpo-Mir-28 Dno-Mir-28 Eca-Mir-28 Ete-Mir-28 Hsa-Mir-28 Laf-Mir-28 Mml-Mir-28 Mmr-Mir-28 Mmu-Mir-28 Ocu-Mir-28 Pab-Mir-28 Rno-Mir-28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr34: 20971517-20971578 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACAAGAAUUAAAAACGGUCCUUGCCCUCAAGGAGCUCACAGUCUAUUGAGUUGCCUUUCUGACUUUCCCACUAGAUUGUGAGCUCCUGGAGGGCAGGCACUUUUGUUCACCUGAAAAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUACAAGAAUUAAAAAC--| C A U AGUUGCCUU GGU CUUGCCCUC AGGAGCUCACAGUCUA UG U UCA GGACGGGAG UCCUCGAGUGUUAGAU AC C AAAAAAAGUCCACUUGUUU^ C G C CCUUUCAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-28_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGAGCUCACAGUCUAUUGAG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cfa-Mir-28_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CACUAGAUUGUGAGCUCCUGGA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-28 miRDB: MIMAT0006675 |
