| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-340 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-340 Cja-Mir-340 Cpo-Mir-340 Dno-Mir-340 Eca-Mir-340 Ete-Mir-340 Hsa-Mir-340 Laf-Mir-340 Mml-Mir-340 Mmr-Mir-340 Mmu-Mir-340 Ocu-Mir-340 Pab-Mir-340 Rno-Mir-340-P1 Rno-Mir-340-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr11: 1704597-1704661 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUUUCUAAAACUCUUUGUACCUGAUGCGAUUAUAAAGCAAUGAGACUGAUUGUCAUGUGUCGGUUGUGGGAUCCGUCUCAGUUACUUUAUAGCCGUGCCUGGUACCUAACACCGCACACCACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUUUCUAAAACUCUUU-- UGA AU CAA-| U GUCAUGUG GUACC UGCG UAUAAAG UGAGAC GAUU U CAUGG GUGC AUAUUUC ACUCUG CUAG C GUCACCACACGCCACAAUC UCC CG AUUG^ C GGUGUUGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-340_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUAAAGCAAUGAGACUGAUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-340 miRDB: MIMAT0009892 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-340_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UCCGUCUCAGUUACUUUAUAGCC -65
Get sequence
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