| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-488 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-488 Cja-Mir-488 Dno-Mir-488 Eca-Mir-488 Ete-Mir-488 Hsa-Mir-488 Laf-Mir-488 Mml-Mir-488 Mmr-Mir-488 Mmu-Mir-488 Ocu-Mir-488 Pab-Mir-488 Rno-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr7: 22597966-22598024 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUAGAGUGAAUUUCCGAGAAUCAUCUCUCCCAGAUAAUGGCACUCUCAAACAAGUUUUCAAGUUGUUUGAAAGGCUAUUUCUUGGUCAGAAGACUCUCAAUUCCUUCUGGAAGCCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUAGAGUGAAUUUCC--| A A CU C U A C AAGUUU GAGA UC UCU CC AGA AAUGGC CU UCAAAC \ CUCU AG AGA GG UCU UUAUCG GA AGUUUG U CUCCGAAGGUCUUCCUUAA^ C A CU U - - A UUGAAC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-488_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGAUAAUGGCACUCUCAAAC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-488 miRDB: MIMAT0009903 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-488_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGAAAGGCUAUUUCUUGGUC -59
Get sequence
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