| MirGeneDB ID | Cja-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-188-P1 Cja-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P2 Cfa-Mir-188-P2 Cpo-Mir-188-P2 Dno-Mir-188-P2 Eca-Mir-188-P2 Hsa-Mir-188-P2 Laf-Mir-188-P2 Mml-Mir-188-P2 Mmr-Mir-188-P2 Mmu-Mir-188-P2 Ocu-Mir-188-P2 Pab-Mir-188-P2 Rno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 48745060-48745119 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGUGAGCCCUUCCCUGCUCCCUCUCUCACAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGUGAGCUUUCUGAAAACCCCUCCCACAUGCAGGGUUUGCAGGAUGGUGAGCUUCAGCUUUCCUUGCUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGUGAGCCCUUCCCU-- -| UC CA UC GU UGAGCUU GCUC CC UCU CA CCUUGCAUG GGAGGG U CGAG GG AGG GU GGGACGUAC CCUCCC C CUCUCGUUCCUUUCGACUU U^ U- AC UU AC CAAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-188-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-188-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCUCCCACAUGCAGGGUUUGCA -60
Get sequence
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