MirGeneDB ID | Cja-Mir-335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-335 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-335 Cfa-Mir-335 Cpo-Mir-335 Dno-Mir-335 Eca-Mir-335 Ete-Mir-335 Hsa-Mir-335 Laf-Mir-335 Mml-Mir-335 Mmr-Mir-335 Mmu-Mir-335 Ocu-Mir-335 Pab-Mir-335 Rno-Mir-335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021922.1: 114006196-114006253 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGACUGAAAAUGAUGUCUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUGUAUUCAAUUAGAUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGACUGAAAAUGAUGUCUUU--| C A C UUUGU UGAG GGGGGUCA GAGCAAUAA GAAAAAUG C ACUC CCUCCAGU CUCGUUAUU CUUUUUGC A AAUAGAUUAACUUAUGUCGUUU^ U C A CAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cja-Mir-335_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUG -22
Get sequence
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Star sequence | Cja-Mir-335_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC -58
Get sequence
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