MirGeneDB ID | Cja-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-652 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-652 Cfa-Mir-652 Cpo-Mir-652 Dno-Mir-652 Eca-Mir-652 Ete-Mir-652 Hsa-Mir-652 Laf-Mir-652 Mml-Mir-652 Mmr-Mir-652 Mmu-Mir-652 Ocu-Mir-652 Pab-Mir-652 Rno-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 102562392-102562452 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGGCCACCACGAAUGGCUAUGCACUGCACAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCACAUAGACUAUAAUUGAAUGGCGCCACUAGGGUUGUGCAGUGCACAACCUACACAACUGUACUCGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGGCCACCACGAAUGGCUA--| GAGAG CAUAGA UGCACUGCACAACCCUAG GGUGCCAUUCA \ ACGUGACGUGUUGGGAUC CCGCGGUAAGU C UGGCUCAUGUCAACACAUCCAAC^ A---- UAAUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-652_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCA -25
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-652_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AAUGGCGCCACUAGGGUUGUG -61
Get sequence
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