MirGeneDB ID | Cli-Mir-190-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-190 Aca-Mir-190-P1 Ami-Mir-190-P1 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Bta-Mir-190-P1 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cfa-Mir-190-P1 Cgi-Mir-190 Cmi-Mir-190-P1 Cpi-Mir-190-P1 Cpo-Mir-190-P1 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dno-Mir-190-P1 Dpu-Mir-190 Dre-Mir-190-P1b Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Esc-Mir-190 Ete-Mir-190-P1 Gga-Mir-190-P1 Gja-Mir-190-P1 Gmo-Mir-190-P1a Gmo-Mir-190-P1b Hme-Mir-190 Hsa-Mir-190-P1 Isc-Mir-190 Lch-Mir-190-P1 Loc-Mir-190-P1 Mal-Mir-190-P1a Mal-Mir-190-P1b Mdo-Mir-190-P1 Mml-Mir-190-P1 Mmu-Mir-190-P1 Mun-Mir-190-P1 Npo-Mir-190 Oan-Mir-190-P1 Obi-Mir-190 Ocu-Mir-190-P1 Ovu-Mir-190 Pbv-Mir-190-P1 Pfl-Mir-190 Pma-Mir-190-o1 Pmi-Mir-190 Rno-Mir-190-P1c Rno-Mir-190-P1d Sha-Mir-190-P1 Sko-Mir-190 Spt-Mir-190-P1 Sto-Mir-190-P1 Tca-Mir-190 Tgu-Mir-190-P1 Tni-Mir-190-P1a Tni-Mir-190-P1b Xbo-Mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold87: 1114482-1114540 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGGAUGCCUUUUUCUGCAGGACUCUGUGUGAUAUGUUUGAUAUAUUAGGUUGUUAUUUAAUCCAACUAUAUAUCAAACAUAUUCCUACAGUGUCCUGCCCUGUCUCCGGGGGUUUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUGGAUGCCUUUUUCU-- U U-| UA UUAU GCAGGAC CUGUG GAUAUGUUUGAUAUAU GGUUG U CGUCCUG GACAU UUAUACAAACUAUAUA UCAAC U AUUUUGGGGGCCUCUGUCC U CC^ -- CUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-190-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUAUGUUUGAUAUAUUAGGUUG -24
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-190-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUAUAUAUCAAACAUAUUCCUA -59
Get sequence
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