MirGeneDB ID | Cpo-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-582-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-582-v1 Cfa-Mir-582-v1 Dno-Mir-582-v1 Hsa-Mir-582-v1 Mml-Mir-582-v1 Mmu-Mir-582-v1 Ocu-Mir-582 Rno-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_29: 2467345-2467404 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v1) |
Mir-582-v1
scaffold_29: 2467345-2467404 [+]
UCSC
Mir-582-v2 scaffold_29: 2467346-2467403 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACCUCAACACAGCAAUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUUUAACUAAUUGUAACCGGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGAAAACAUUUCACUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACCUCAACACAGCAAUC--| UUA A UAAUUU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAACC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUGG CAAUG A AGUCACUUUACAAAAGUGAA^ CAA C UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-582-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-582-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACCGGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
|