MirGeneDB ID | Cpo-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-582-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-582-v1 Cfa-Mir-582-v1 Cja-Mir-582 Dno-Mir-582-v1 Eca-Mir-582 Hsa-Mir-582-v1 Laf-Mir-582-v1 Mml-Mir-582-v1 Mmr-Mir-582-v1 Mmu-Mir-582-v1 Ocu-Mir-582 Pab-Mir-582-v1 Rno-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_29: 2467345-2467404 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v1) |
Mir-582-v1
scaffold_29: 2467345-2467404 [+]
UCSC
Mir-582-v2 scaffold_29: 2467346-2467403 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACCUCAACACAGCAAUCUGUACUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUUUAACUAAUUGUAACCGGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGAAAACAUUUCACUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACCUCAACACAGCAAUC--| UUA A UAAUUU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAACC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUGG CAAUG A AGUCACUUUACAAAAGUGAA^ CAA C UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-582-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-582-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACCGGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
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