MirGeneDB ID | Cpo-Mir-873-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-873-v2 Cfa-Mir-873-v2 Dno-Mir-873-v2 Ete-Mir-873-v2 Hsa-Mir-873-v2 Mdo-Mir-873-v2 Mml-Mir-873-v2 Mmu-Mir-873-v2 Oan-Mir-873-v2 Ocu-Mir-873-v2 Rno-Mir-873-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_2: 7394200-7394256 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-873-v2) |
Mir-873-v1
scaffold_2: 7394199-7394257 [-]
UCSC
Mir-873-v2 scaffold_2: 7394200-7394256 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCUGCUUAAACUGAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUAAAAAUAAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAAUCUUCCUACUCACGUGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUGCUUAAACUGAG--| UGCAUUUGCA UG G AUUAAA UUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ AAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A AUGUGCACUCAUCCUUCUA^ CCACAAGGGC GU G CAAAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-873-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCAGGAACUUGUGAGUCUCCUA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-873-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- GGAGACUGAUGAGUUCCCGGGA -57
Get sequence
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