| MirGeneDB ID | Cte-Mir-277-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-277a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-277-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Dan-Mir-277 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_114: 443887-443966 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277-P1) |
Mir-34
CAPTEscaffold_114: 443343-443404 [-]
Ensembl
Mir-277-P2 CAPTEscaffold_114: 443745-443810 [-] Ensembl Mir-277-P1 CAPTEscaffold_114: 443887-443966 [-] Ensembl Mir-317 CAPTEscaffold_114: 444019-444076 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUCCGAUGAGCUCUCUACGUCACUGGUGCCGUAUCAGCCAAUGCAUUCUACAUGUCCUAGCUGCUUCUACACUGCGUCGAUCUUCUGUAAAUGCAUUAUCUGGUAUGUAACUCAGUGACGCCUCGCCUCACCACGAUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUCCGAUGAGCUCUCUA- -| GC CC C UGUCCUAGCUGCUUCU CGUCACUG GU CGUAUCAG AAUGCAUU UACA \ GCAGUGAC CA GUAUGGUC UUACGUAA AUGU A CCUAGCACCACUCCGCUCC U^ AU UA - CUUCUAGCUGCGUCAC . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-277-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUAUCAGCCAAUGCAUUCUACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-277-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
58- UAAAUGCAUUAUCUGGUAUGUA -80
Get sequence
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