MirGeneDB ID | Esc-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Bge-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cbr-Mir-277-P6a Cbr-Mir-277-P6b Cel-Mir-277 Cgi-Mir-277 Csc-Mir-277-P18a Csc-Mir-277-P18b Cte-Mir-277-P1 Cte-Mir-277-P2 Dan-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Efe-Mir-277 Hme-Mir-277 Isc-Mir-277 Lan-Mir-277-P3 Lan-Mir-277-P4 Lan-Mir-277-P5 Lgi-Mir-277 Lpo-Mir-277-P12 Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 Lpo-Mir-277-P17 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Sme-Mir-277-P6a Sme-Mir-277-P6b Sme-Mir-277-P7a Sme-Mir-277-P7b Tca-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_004765925.1_miRNA_LOCI) |
Esc-Mir-277_pre_SRIE01001895.1:8392893-8393031: 39-101 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAACUCUAAGAGCAUUGCGACAUUUGCCUCGUACCAAAAGUGCAUUCUACAACGUGUCGAUAUAAAACUGUAAAUGCAUUAUCUGGUAUGUGAGAAAAUGUGGCCUAAGCAACUUCUUUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAACUCUAAGAGCAUU- G GC -- AA-| C ACGUGUCG GC ACAUUU CUC GUACCA AGUGCAUU UACA \ CG UGUAAA GAG UAUGGU UUACGUAA AUGU A UAUUUUCUUCAACGAAUC G A- UG CUA^ - CAAAAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Esc-Mir-277_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUACCAAAAGUGCAUUCUACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Esc-Mir-277_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UAAAUGCAUUAUCUGGUAUGUG -63
Get sequence
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