MirGeneDB ID | Dme-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Bge-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cbr-Mir-277-P6a Cbr-Mir-277-P6b Cel-Mir-277 Cgi-Mir-277 Csc-Mir-277-P18a Csc-Mir-277-P18b Cte-Mir-277-P1 Cte-Mir-277-P2 Dan-Mir-277 Dma-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Hme-Mir-277 Isc-Mir-277 Lan-Mir-277-P3 Lan-Mir-277-P4 Lan-Mir-277-P5 Lgi-Mir-277 Lpo-Mir-277-P12 Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 Lpo-Mir-277-P17 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Sme-Mir-277-P6a Sme-Mir-277-P6b Sme-Mir-277-P7a Sme-Mir-277-P7b Tca-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 10100039-10100102 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277) |
Mir-317
3R: 10091139-10091204 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-277 3R: 10100039-10100102 [+] UCSC Ensembl Mir-34 3R: 10100952-10101025 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAAAUGCAUCCUUUGAAGGUUUUGGGCUGCGUGUCAGGAGUGCAUUUGCACUGAAACUAUCUGAAGCAUGUAAAUGCACUAUCUGGUACGACAUUCCAGAACGUACAAUCUUCCCGAAUGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAAAUGCAUCCUUUGAAG-- GC - GU -| CUGAAACU GUUUUGG UG CGU CAGG AGUGCAUUUGCA A CAAGACC AC GCA GUCU UCACGUAAAUGU U GACGUAAGCCCUUCUAACAUG UU A UG A^ ACGAAGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dme-Mir-277_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUGUCAGGAGUGCAUUUGCA -21
Get sequence
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Mature sequence | Dme-Mir-277_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UAAAUGCACUAUCUGGUACGACA -64
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000338 TargetScanFly: dme-miR-277 |