MirGeneDB ID | Dme-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Bge-Mir-317 Cgi-Mir-317-P1 Cgi-Mir-317-P2 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dma-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Hme-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ovu-Mir-317 Tca-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 10091139-10091204 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317) |
Mir-317
3R: 10091139-10091204 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-277 3R: 10100039-10100102 [+] UCSC Ensembl Mir-34 3R: 10100952-10101025 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAGCGAAUUUUCCAUAUGCAACUGCCAUUGGGAUACACCCUGUGCUCGCUUUGAAUGAAAUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUUUGGCAUCCUUGCUGCACCACAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAGCGAAUUUUCCAUA -- U AUA --| C UUGAAUGA UGC AAC GCCAUUGGG CACC CUGUG UCGCU A ACG UUG CGGUGACCU GUGG GACAC AGUGA A AAACACCACGUCGUUCCU GU C AUG UC^ A ACGAACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dme-Mir-317_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020843 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGAUACACCCUGUGCUCGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Dme-Mir-317_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGU -66
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000409 TargetScanFly: dme-miR-317 |