MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Isc-Mir-317

Family name MIR-317 (all species)
Seed GAACACA
Species Deer tick (Ixodes scapularis)
MiRBase ID isc-mir-317
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-317-P8  Aae-Mir-317-P9  Aga-Mir-317  Agr-Mir-317  Bge-Mir-317  Csc-Mir-317-P17  Csc-Mir-317-P18  Cte-Mir-317  Dan-Mir-317  Dgr-Mir-317-P3  Dgr-Mir-317-P4  Dlo-Mir-317  Dma-Mir-317  Dme-Mir-317  Dmo-Mir-317  Dpu-Mir-317  Dsi-Mir-317  Dya-Mir-317  Eba-Mir-317  Efe-Mir-317-P5  Efe-Mir-317-P6  Efe-Mir-317-P7  Esc-Mir-317  Gpa-Mir-317  Hme-Mir-317  Hru-Mir-317  Lan-Mir-317-P10  Lan-Mir-317-P11  Lgi-Mir-317  Lhy-Mir-317  Llo-Mir-317  Lpo-Mir-317-P12  Lpo-Mir-317-P13  Mgi-Mir-317-P1  Mgi-Mir-317-P2  Mom-Mir-317  Npo-Mir-317  Obi-Mir-317  Ofu-Mir-317  Ovu-Mir-317  Pau-Mir-317  Pca-Mir-317  Pdu-Mir-317  Pve-Mir-317  Rph-Mir-317  Snu-Mir-317  Tca-Mir-317  Tur-Mir-317  War-Mir-317 
Node of Origin (locus) Protostomia
Node of Origin (family) Protostomia
Genome context
(GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC)		 NW_024609835.1: 44980128-44980191 [-] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GAGUGUGACUUCGACAUGGCCUCGCCUGACAGUGUACCACCCUGAGUUCCCACGUGCGUUUGCCCAGUGUGAACACAGCUGGUGGUAUAUCAGUCAGUCGCGGCAUCUACGCUUCCCUGCGCUG
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30         40          50          
GAGUGUGACUUCGACAUG--   U  C     A-          --|  A    C  CGUGCGU 
                    GCC CG CUGAC  GUGUACCACC  CUG GUUC CA       \
                    CGG GC GACUG  UAUAUGGUGG  GAC CAAG GU       U
GUCGCGUCCCUUCGCAUCUA   C  U     AC          UC^  A    U  GACCCGU 
  120       110       100        90        80        70
Deep sequencing
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3' NTU No
MotifsUG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17)
Tissue expression
-   +
Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Sa Sa To
Star sequence

Isc-Mir-317_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- AGUGUACCACCCUGAGUUCCCA -22
Get sequence
Mature sequence

Isc-Mir-317_3p
mirBase accessionMIMAT0012699
Sequence 
39- UGAACACAGCUGGUGGUAUAUCAGU -64
Get sequence