MirGeneDB ID | Lpo-Mir-277-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-277-P12 Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Dan-Mir-277 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665692.1: 440255-440315 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCUCAAAUCCUACGUGGCCUUCGUAGUCUCAUUCCAGCGGUGCGUUUCCACGUCCAGCUUCGUCUGUAAAUGCAUCACCUGGAAUGAGUGUACGUGUAGGUAUUCACUUCGUUGUCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUCUCAAAUCCUACGUG U-- GU C-| C CGUCCA GCCU CGUA CUCAUUCCAG GGUGCGUUU CA G UGGA GCAU GAGUAAGGUC CUACGUAAA GU C UACCUGUUGCUUCACUUA UGU GU CA^ U CUGCUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Mir-277-P17_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAUUCCAGCGGUGCGUUUCCA -22
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Mir-277-P17_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAAAUGCAUCACCUGGAAUGAGU -61
Get sequence
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