MirGeneDB ID | Dme-Mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-960 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-960 Dmo-Mir-960 Dsi-Mir-960 Dya-Mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 5641081-5641140 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-960) |
Mir-959-v1
2L: 5640958-5641021 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5640959-5641020 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5641081-5641140 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5641208-5641266 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5641315-5641374 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v2 2L: 5642004-5642065 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v1 2L: 5642005-5642064 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5642127-5642187 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5642128-5642186 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUACCGCCCACGGGUUUUGUACCACAUUCUGAGUAUUCCAGAUUGCAUAGCUUUGUGCUACUAUUGCUAUACGGUCUGGGACACUUUUAACAUGGUAUCAAAUCAGAUUCACCUAAUAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGUACCGCCCACGGGUU- -| CA CU A C UUUGUG UUG UACCA UU GAGU UUCCAGAUUG AUAGC C AAC AUGGU AA UUCA AGGGUCUGGC UAUCG U GAUAAUCCACUUAGACUA U^ AC UU C A UUAUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -2 on the 3p arm, and -1 on the 5p arm,. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dme-Mir-960_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0005474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUAUUCCAGAUUGCAUAGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005474 TargetScanFly: dme-miR-960 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dme-Mir-960_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0020855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUACGGUCUGGGACACUUUUA -60
Get sequence
|