MirGeneDB ID | Dsi-Mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-960 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-960 Dme-Mir-960 Dmo-Mir-960 Dya-Mir-960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 5445734-5445793 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-960) |
Mir-959-v1
2L: 5445611-5445674 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5445612-5445673 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5445734-5445793 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5445861-5445919 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5445969-5446028 [+] UCSC Ensembl Mir-963 2L: 5446636-5446695 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5446777-5446837 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5446778-5446836 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUCACGCCCACGGGUUUUGUACCACAUUCAGAGUAUUCCAGGUUGCAUAGCUUUGUGCUACUAUUGCUGUACGAUCUGGGACACUUUUAACAUGGUAUCAAAUCUGAUUCCCCCAAACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGUCACGCCCACGGGUU- -| CA C A C UUUGUG UUG UACCA UU AGAGU UUCCAGGUUG AUAGC C AAC AUGGU AA UUUCA AGGGUCUAGC UGUCG U GCAAACCCCCUUAGUCUA U^ AC U C A UUAUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -2 on the 3p arm, and -1 on the 5p arm,. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dsi-Mir-960_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGUAUUCCAGGUUGCAUAGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dsi-Mir-960_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGUACGAUCUGGGACACUUUUA -60
Get sequence
|