MirGeneDB ID | Dsi-Mir-961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-961 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-961 Dme-Mir-961 Dya-Mir-961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 5445861-5445919 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-961) |
Mir-959-v1
2L: 5445611-5445674 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5445612-5445673 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5445734-5445793 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5445861-5445919 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5445969-5446028 [+] UCSC Ensembl Mir-963 2L: 5446636-5446695 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5446777-5446837 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5446778-5446836 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGUGCUCGUUAUCAUGGGCCGAGUUACCUUUGAUCAUCAGUAAGUGAGAUUGUUUCUGAUACGAUUUCGUUUUCUGGCAAUCAAAGGAACUCGACUCGACUUGAAUCUACAACUACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAUGUGCUCGUUAUCAU---| C A CA U UGUUUC GGG CGAGUU CCUUUGAU UCAG AAGUGAGAU \ CUC GCUCAA GGAAACUA GGUC UUUGCUUUA U CCAUCAACAUCUAAGUUCAG^ A - AC U GCAUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dsi-Mir-961_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGAUCAUCAGUAAGUGAGAU -22
Get sequence
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Star sequence | Dsi-Mir-961_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUCGUUUUCUGGCAAUCAAAGG -59
Get sequence
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