MirGeneDB ID | Dme-Mir-961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-961 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-961 Dsi-Mir-961 Dya-Mir-961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 5641208-5641266 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-961) |
Mir-959-v1
2L: 5640958-5641021 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5640959-5641020 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5641081-5641140 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5641208-5641266 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5641315-5641374 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v2 2L: 5642004-5642065 [+] UCSC Ensembl Mir-963-v1 2L: 5642005-5642064 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5642127-5642187 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5642128-5642186 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGAGCUCGUUAUCAAGGGCCGAGUUACCUUUGAUCACCAGUAACUGAGAUUGUUUCUGAUACGGUUUCGUUUUCUGGCAAUCAAAAGAACUUGGACUCGACUUGAAUUCAACUACUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAGCUCGUUAUCAA-- -| ACC CA U- U UGUUUC GGG CCGAGUU UUUGAU CCAG AAC GAGAU \ CUC GGUUCAA AAACUA GGUC UUG CUUUG U UUCAUCAACUUAAGUUCAG A^ GA- AC UU - GCAUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dme-Mir-961_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0005475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGAUCACCAGUAACUGAGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005475 TargetScanFly: dme-miR-961 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dme-Mir-961_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0020856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUCGUUUUCUGGCAAUCAAAAG -59
Get sequence
|