MirGeneDB ID | Dsi-Mir-959-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-959 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUCAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dsi-Mir-959-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-959-v1 Dme-Mir-959-v1 Dya-Mir-959-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 5445611-5445674 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-959-v1) |
Mir-959-v1
2L: 5445611-5445674 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-959-v2 2L: 5445612-5445673 [+] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 5445734-5445793 [+] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 5445861-5445919 [+] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 5445969-5446028 [+] UCSC Ensembl Mir-963 2L: 5446636-5446695 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v1 2L: 5446777-5446837 [+] UCSC Ensembl Mir-964-v2 2L: 5446778-5446836 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUAAAUAGAUUUUAACUUUGUUCUAUAUUCUUAGUACUCGGGUUGAUAAAGACCUUUUCUUUGCGGAGCCUUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAAAUAUAGUUUAAAGAAGCUGCAAGGAUCAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUAAAUAGAUUUUAAC- UU -| U GGGU ACCUUUUC UUUG CUAUA UUC UAGUACUC UGAUAAAG U AAAU GAUAU AAG AUUAUGGG ACUGUUUC U CUACUAGGAACGUCGAAG UU A^ U GGCU CGAGGCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dsi-Mir-959-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUAGUACUCGGGUUGAUAAAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dsi-Mir-959-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAA -64
Get sequence
|