MirGeneDB ID | Dsi-Mir-989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-989 Aga-Mir-989 Dan-Mir-989 Dlo-Mir-989 Dme-Mir-989 Dmo-Mir-989 Dya-Mir-989 Gpa-Mir-989 Hme-Mir-989-P1 Hme-Mir-989-P2 Tca-Mir-989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Endopterygota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Endopterygota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2R: 10739800-10739943 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-989) |
Mir-989
2R: 10739800-10739943 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2584 2R: 10767146-10767208 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUAUUUAAGUACAUAAAUUCCGGGAAUCGGCCACUACCUUGCAGUCACGUGAUGAAAAGACACUGGUGACACUGAUCCGGAUUUGGUAGUUGACAAAUCCUCCAUGCCGAGAUAAGUUUCAUUUUGCGUCUUUUGAAUUCGAAUAGUUCAUGUGAUGUGACGUAGUGGAACAUACCUGAAAUUGCAAGCAACACGAAGUGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 UUUUAUUUAAGUACAUA--| C A CGG C UG G AUGAAAAGACACUGGUGACACUGAUCCGGAUUUGGUAGUUGACAAAUC AAUU CGGG AU CCACUAC U CA UCACGUG \ UUAA GUCC UA GGUGAUG A GU AGUGUAC C AAGUGAAGCACAACGAACG^ A A CAA C GU - UUGAUAAGCUUAAGUUUUCUGCGUUUUACUUUGAAUAGAGCCGUACCU 200 190 180 170 160 150 140 130 120 110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | The mirbase entry is incomplete at the 5' end. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dsi-Mir-989_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCCACUACCUUGCAGUCACGUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dsi-Mir-989_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
122- UGUGAUGUGACGUAGUGGAACA -144
Get sequence
|