MirGeneDB ID | Dya-Mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-978 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dya-mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-978-v1 Dan-Mir-978-v2 Dme-Mir-978-v1 Dme-Mir-978-v2 Dsi-Mir-978-v1 Dsi-Mir-978-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
X: 11883774-11883834 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-978) |
Mir-978
X: 11883774-11883834 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-977 X: 11885660-11885723 [-] UCSC Ensembl Mir-976 X: 11885829-11885886 [-] UCSC Ensembl Mir-975 X: 11885984-11886046 [-] UCSC Ensembl Mir-9690 X: 11886163-11886224 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGAAGUGCAUCCAGGUGGGCGGCACAGCCAGCACUCUACGCCGCUGGCUUACGUUGUACUCGGAAAUCGUGUCCAGUGCCGUUGAUUGCAGUUGUGUGGACGCAAAGGGCAGCGGAGAACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAAGUGCAUCCAGGUGG ---| CA C U C CU UUGUAC GCG GCACAGC GCA UC ACG CGCUGG UACG U CGC UGUGUUG CGU AG UGC GUGACC GUGC C ACAAGAGGCGACGGGAAA AGG^ A- U U C U- UAAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dya-Mir-978_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0039179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCACUCUACGCCGCUGGCUUACGU -24
Get sequence
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Mature sequence | Dya-Mir-978_3p |
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mirBase accession | MIMAT0039180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUCCAGUGCCGUUGAUUGCAG -61
Get sequence
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