MirGeneDB ID | Dsi-Mir-978-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-978 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-978a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dsi-Mir-978-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-978-v2 Dme-Mir-978-v2 Dya-Mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
X: 18333232-18333292 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-978-v2) |
Mir-972
X: 18322964-18323019 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-9369 X: 18323144-18323204 [+] UCSC Ensembl Mir-973 X: 18323323-18323387 [+] UCSC Ensembl Mir-974 X: 18323461-18323522 [+] UCSC Ensembl Mir-975 X: 18330806-18330866 [+] UCSC Ensembl Mir-976 X: 18330933-18330991 [+] UCSC Ensembl Mir-977 X: 18331071-18331133 [+] UCSC Ensembl Mir-978-v1 X: 18333231-18333293 [+] UCSC Ensembl Mir-978-v2 X: 18333232-18333292 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAGGACGAAGUAGAUUGGCGGCACAAUCUGCAAUCUACGCCACUGGCUUACGUUGUGGUCGAGAAUCGUGUCCAGUGCCGUAUAUUGCAGUUGUGUGGACGCAAACGGCAGCAGCGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAGGACGAAGUAGAUUG ---| U C C CU UUGUGG GCG GCACAA CUGCAAU UACG CACUGG UACG U CGC UGUGUU GACGUUA AUGC GUGACC GUGC C GGAAGCGACGACGGCAAA AGG^ - U C U- UAAGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dsi-Mir-978-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCAAUCUACGCCACUGGCUUACGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dsi-Mir-978-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUCCAGUGCCGUAUAUUGCAG -61
Get sequence
|