MirGeneDB ID | Eca-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGUUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-154-P1 Eca-Mir-154-P2-v1 Eca-Mir-154-P2-v2 Eca-Mir-154-P3-v1 Eca-Mir-154-P3-v2 Eca-Mir-154-P4 Eca-Mir-154-P5 Eca-Mir-154-P6a-v1 Eca-Mir-154-P6a-v2 Eca-Mir-154-P6b Eca-Mir-154-P6c Eca-Mir-154-P7 Eca-Mir-154-P8a Eca-Mir-154-P8b Eca-Mir-154-P9 Eca-Mir-154-P10 Eca-Mir-154-P11 Eca-Mir-154-P12 Eca-Mir-154-P16 Eca-Mir-154-P17 Eca-Mir-154-P18 Eca-Mir-154-P19-v1 Eca-Mir-154-P19-v2 Eca-Mir-154-P20 Eca-Mir-154-P21 Eca-Mir-154-P22 Eca-Mir-154-P23 Eca-Mir-154-P24 Eca-Mir-154-P25 Eca-Mir-154-P26 Eca-Mir-154-P27 Eca-Mir-154-P28 Eca-Mir-154-P29 Eca-Mir-154-P31 Eca-Mir-154-P32 Eca-Mir-154-P33 Eca-Mir-154-P34 Eca-Mir-154-P35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-154-P30 Cfa-Mir-154-P30 Cja-Mir-154-P30 Cpo-Mir-154-P30 Dno-Mir-154-P30 Ete-Mir-154-P30 Hsa-Mir-154-P30 Laf-Mir-154-P30 Mml-Mir-154-P30 Mmr-Mir-154-P30 Mmu-Mir-154-P30 Ocu-Mir-154-P30 Pab-Mir-154-P30 Rno-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009171.1: 43374280-43374333 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P30) |
Mir-154-P1
CM009171.1: 43333278-43333336 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 CM009171.1: 43334539-43334596 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 CM009171.1: 43334540-43334595 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 CM009171.1: 43334998-43335052 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 CM009171.1: 43334999-43335051 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 CM009171.1: 43336225-43336281 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 CM009171.1: 43336787-43336842 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 CM009171.1: 43336949-43337004 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 CM009171.1: 43336949-43337004 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 CM009171.1: 43337244-43337301 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a CM009171.1: 43338005-43338064 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b CM009171.1: 43338319-43338377 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 CM009171.1: 43340815-43340870 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 CM009171.1: 43341251-43341307 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 CM009171.1: 43342885-43342942 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 CM009171.1: 43344729-43344786 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P35 CM009171.1: 43346710-43346765 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 CM009171.1: 43349741-43349798 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 CM009171.1: 43350119-43350176 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 CM009171.1: 43350872-43350929 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16 CM009171.1: 43352997-43353056 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM009171.1: 43354693-43354755 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 CM009171.1: 43355166-43355223 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19-v1 CM009171.1: 43356005-43356068 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19-v2 CM009171.1: 43356007-43356066 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 CM009171.1: 43356582-43356640 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 CM009171.1: 43358248-43358307 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 CM009171.1: 43360203-43360256 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 CM009171.1: 43360636-43360693 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 CM009171.1: 43363504-43363561 [+] UCSC Ensembl Mir-134 CM009171.1: 43363883-43363944 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 CM009171.1: 43364626-43364684 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 CM009171.1: 43368798-43368855 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 CM009171.1: 43369085-43369145 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 CM009171.1: 43369646-43369699 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 CM009171.1: 43371377-43371436 [+] UCSC Ensembl Mir-541 CM009171.1: 43373355-43373420 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM009171.1: 43374280-43374333 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 CM009171.1: 43374430-43374485 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 CM009171.1: 43374573-43374628 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM009171.1: 43374903-43374958 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 CM009171.1: 43375650-43375705 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCCGAGCCUCUCCAUGGUACUCGGGGAGAGGUUACCCGAGCAACUUUGCAUCUGGACGACGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCUUUUCGGUAUCAAAAUCCAUCAGAGGGGCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAUCCGAGCCUCUCCAU---| U GG A AC - CAUCU GGUAC CG GAG GGUU CCGAGCAAC UUUG \ CUAUG GC UUC CCAA GGCUCGUUG AAGC G GCCGGGGAGACUACCUAAAA^ - UU C GU U AGCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | This gene was classified as a non-canonical miRNA in Fromm et al. (2015) given that the Dicer cut is consistently +4. However, the Drosha cut is +2 and reads are abrogated with the Drosha knock-out and hence it is accepted here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-154-P30_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUUACCCGAGCAACUUUGCAU -23
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-154-P30_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0013152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU -54
Get sequence
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