MirGeneDB ID | Rno-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-154-P1 Rno-Mir-154-P2-v1 Rno-Mir-154-P2-v2 Rno-Mir-154-P3a-v1 Rno-Mir-154-P3a-v2 Rno-Mir-154-P4-o1 Rno-Mir-154-P5 Rno-Mir-154-P6 Rno-Mir-154-P7 Rno-Mir-154-P8 Rno-Mir-154-P9 Rno-Mir-154-P10 Rno-Mir-154-P12 Rno-Mir-154-P13 Rno-Mir-154-P14 Rno-Mir-154-P15 Rno-Mir-154-P17 Rno-Mir-154-P18 Rno-Mir-154-P19 Rno-Mir-154-P20-v1 Rno-Mir-154-P20-v2 Rno-Mir-154-P21 Rno-Mir-154-P22 Rno-Mir-154-P26 Rno-Mir-154-P29-v1 Rno-Mir-154-P29-v2 Rno-Mir-154-P34 Rno-Mir-154-P36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-154-P30 Cfa-Mir-154-P30 Cpo-Mir-154-P30 Dno-Mir-154-P30 Ete-Mir-154-P30 Hsa-Mir-154-P30 Mml-Mir-154-P30 Mmu-Mir-154-P30 Ocu-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr6: 133861052-133861107 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P30) |
Mir-154-P7
chr6: 133857715-133857772 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P13 chr6: 133858859-133858914 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr6: 133859329-133859383 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v2 chr6: 133859330-133859382 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8 chr6: 133860500-133860556 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v2 chr6: 133861214-133861269 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v1 chr6: 133861214-133861269 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chr6: 133861509-133861566 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4-o1 chr6: 133862190-133862249 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr6: 133864385-133864440 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29-v1 chr6: 133864729-133864785 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29-v2 chr6: 133864730-133864784 [+] UCSC Ensembl Mir-666 chr6: 133866541-133866601 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 chr6: 133866672-133866729 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr6: 133868298-133868357 [+] UCSC Ensembl Mir-667 chr6: 133869584-133869647 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr6: 133872453-133872510 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr6: 133873110-133873167 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chr6: 133873618-133873675 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 chr6: 133874161-133874223 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr6: 133876615-133876677 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr6: 133877137-133877194 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chr6: 133877840-133877901 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chr6: 133879179-133879235 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chr6: 133884190-133884247 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr6: 133884554-133884614 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr6: 133885310-133885368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P1 chr6: 133888600-133888657 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v2 chr6: 133889296-133889351 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v1 chr6: 133889297-133889350 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6 chr6: 133890697-133890756 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chr6: 133892668-133892733 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P36 chr6: 133893432-133893485 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 chr6: 133893579-133893634 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chr6: 133893706-133893761 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr6: 133894007-133894062 [+] UCSC Ensembl Mir-3072 chr6: 133898823-133898879 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAGCAUUACCUCAUGGUAUUUGAAGGUGCGGUUGACCAUGGUGUGUACGCUUUAUUUAUGACAUAGGACACAUGGUCUACUUCUUCUCAAUAUCACAUCUCGCCUUGGAAGACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCAGCAUUACCUCAUG---- U- UGC U - ---| ACGCUU GUAUU GAAGG GGU GACCAUG GU GUGU U UAUAA CUUCU UCA CUGGUAC CA UACA A UCAGAAGGUUCCGCUCUACAC CU --- U A GGA^ GUAUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Rno-Mir-154-P30_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGUUGACCAUGGUGUGUACG -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Rno-Mir-154-P30_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UAGGACACAUGGUCUACUUCU -56
Get sequence
|