MirGeneDB ID | Rno-Mir-154-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-380 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-154-P1 Rno-Mir-154-P2-v1 Rno-Mir-154-P2-v2 Rno-Mir-154-P3-v1 Rno-Mir-154-P3-v2 Rno-Mir-154-P6a-v1 Rno-Mir-154-P6a-v2 Rno-Mir-154-P7 Rno-Mir-154-P8-o1 Rno-Mir-154-P9 Rno-Mir-154-P10 Rno-Mir-154-P11 Rno-Mir-154-P12 Rno-Mir-154-P15 Rno-Mir-154-P17 Rno-Mir-154-P18 Rno-Mir-154-P19 Rno-Mir-154-P24 Rno-Mir-154-P25 Rno-Mir-154-P26 Rno-Mir-154-P28-v1 Rno-Mir-154-P28-v2 Rno-Mir-154-P29 Rno-Mir-154-P30 Rno-Mir-154-P31 Rno-Mir-154-P32 Rno-Mir-154-P33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-154-P4 Cfa-Mir-154-P4 Cja-Mir-154-P4 Cpo-Mir-154-P4 Dno-Mir-154-P4 Eca-Mir-154-P4 Ete-Mir-154-P4 Hsa-Mir-154-P4 Laf-Mir-154-P4 Mml-Mir-154-P4 Mmu-Mir-154-P4 Pab-Mir-154-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr6: 133860500-133860556 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P4) |
Mir-154-P1
chr6: 133857715-133857772 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 chr6: 133858858-133858915 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr6: 133858859-133858914 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 chr6: 133859329-133859383 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 chr6: 133859330-133859382 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 chr6: 133860500-133860556 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 chr6: 133861214-133861269 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 chr6: 133861214-133861269 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 chr6: 133861509-133861566 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8-o1 chr6: 133862190-133862249 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr6: 133864385-133864440 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chr6: 133864729-133864785 [+] UCSC Ensembl Mir-666 chr6: 133866541-133866601 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 chr6: 133866672-133866729 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr6: 133868298-133868357 [+] UCSC Ensembl Mir-667 chr6: 133869584-133869647 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr6: 133872453-133872510 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr6: 133873110-133873167 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 chr6: 133873618-133873675 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr6: 133874161-133874223 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr6: 133876615-133876677 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr6: 133877137-133877194 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr6: 133877840-133877901 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chr6: 133879179-133879235 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 chr6: 133884190-133884247 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr6: 133884554-133884614 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chr6: 133885310-133885368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chr6: 133888600-133888657 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v2 chr6: 133889296-133889351 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v1 chr6: 133889297-133889350 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 chr6: 133890697-133890756 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chr6: 133892668-133892733 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chr6: 133893432-133893485 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 chr6: 133893579-133893634 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 chr6: 133893706-133893761 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 chr6: 133894007-133894062 [+] UCSC Ensembl Mir-3072 chr6: 133898823-133898879 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCCACCCUCUCUCCAUGGUACCUGAAAAGAUGGUUGACCAUAGAACAUGCGCUACUUCUGUGUCGUAUGUAGUAUGGUCCACAUCUUCUCAUUAUCAAAGUCAUUCGUGGAGGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCCACCCUCUCUCCAU---| CC A GUU GA CUACU GGUA UGA AAGAUG GACCAUA ACAUGCG U CUAU ACU UUCUAC CUGGUAU UGUAUGC C UUGGGAGGUGCUUACUGAAA^ U- C AC- GA UGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Rno-Mir-154-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0005308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGGUUGACCAUAGAACAUGCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005308 TargetScanVert: rno-miR-380-5p miRDB: MIMAT0005308 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Rno-Mir-154-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUGUAGUAUGGUCCACAUCU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-380-3p miRDB: MIMAT0017302 |