| MirGeneDB ID | Dno-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGUUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-154-P1 Dno-Mir-154-P2-v1 Dno-Mir-154-P2-v2 Dno-Mir-154-P3-v1 Dno-Mir-154-P3-v2 Dno-Mir-154-P4 Dno-Mir-154-P5 Dno-Mir-154-P6a-v1 Dno-Mir-154-P6a-v2 Dno-Mir-154-P6b Dno-Mir-154-P7 Dno-Mir-154-P8a Dno-Mir-154-P8b Dno-Mir-154-P9 Dno-Mir-154-P10 Dno-Mir-154-P11 Dno-Mir-154-P12 Dno-Mir-154-P13 Dno-Mir-154-P14 Dno-Mir-154-P16c Dno-Mir-154-P16d Dno-Mir-154-P17 Dno-Mir-154-P18 Dno-Mir-154-P19 Dno-Mir-154-P20 Dno-Mir-154-P22 Dno-Mir-154-P23 Dno-Mir-154-P24 Dno-Mir-154-P25 Dno-Mir-154-P26 Dno-Mir-154-P27 Dno-Mir-154-P28-v1 Dno-Mir-154-P28-v2 Dno-Mir-154-P29 Dno-Mir-154-P31 Dno-Mir-154-P32 Dno-Mir-154-P33 Dno-Mir-154-P34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P30 Cfa-Mir-154-P30 Cja-Mir-154-P30 Cpo-Mir-154-P30 Eca-Mir-154-P30 Ete-Mir-154-P30 Hsa-Mir-154-P30 Laf-Mir-154-P30 Mml-Mir-154-P30 Mmr-Mir-154-P30 Mmu-Mir-154-P30 Ocu-Mir-154-P30 Pab-Mir-154-P30 Rno-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH578221: 165418-165471 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P30) |
Mir-154-P1
JH578221: 124581-124639 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 JH578221: 125808-125865 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 JH578221: 125809-125864 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 JH578221: 126266-126320 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 JH578221: 126267-126319 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 JH578221: 127474-127530 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 JH578221: 128018-128073 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 JH578221: 128180-128235 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 JH578221: 128180-128235 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 JH578221: 128465-128522 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b JH578221: 129181-129240 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a JH578221: 129500-129559 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 JH578221: 131208-131263 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 JH578221: 131614-131668 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 JH578221: 133458-133515 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 JH578221: 135322-135379 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 JH578221: 141458-141514 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 JH578221: 141684-141741 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 JH578221: 142061-142118 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 JH578221: 146722-146784 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 JH578221: 147235-147292 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 JH578221: 147994-148057 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 JH578221: 148479-148537 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 JH578221: 152174-152227 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 JH578221: 152628-152685 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 JH578221: 155333-155390 [+] UCSC Ensembl Mir-134 JH578221: 155647-155706 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 JH578221: 156384-156442 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b JH578221: 157215-157271 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 JH578221: 160400-160457 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 JH578221: 160728-160788 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v2 JH578221: 161286-161341 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v1 JH578221: 161287-161340 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 JH578221: 162674-162733 [+] UCSC Ensembl Mir-541 JH578221: 164635-164700 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 JH578221: 165559-165614 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 JH578221: 165682-165737 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 JH578221: 165975-166030 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 JH578221: 166555-166610 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCCCGAGCCUCUCCAUGGUACGCGGGGAGAGGUUACCCGAGCAACUUUGCAUCUGGACGACGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCUCUUCGGUAUCAAAUCCCACCAGGGAGGCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCGAGCCUCUCCAU---| G A AC - CAUCU GGUAC CGGGGAG GGUU CCGAGCAAC UUUG \ CUAUG GCUUCUC CCAA GGCUCGUUG AAGC G UCCGGAGGGACCACCCUAAA^ - C GU U AGCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This gene was classified as a non-canonical miRNA in Fromm et al. (2015) given that the Dicer cut is consistently +4. However, the Drosha cut is +2 and reads are abrogated with the Drosha knock-out and hence it is accepted here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-154-P30_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUACCCGAGCAACUUUGCAU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Dno-Mir-154-P30_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU -54
Get sequence
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