MirGeneDB ID | Eca-Mir-506-P1m | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-506-P1n Eca-Mir-506-P1o-v1 Eca-Mir-506-P1o-v2 Eca-Mir-506-P1o-v3 Eca-Mir-506-P1p-v1 Eca-Mir-506-P1p-v2 Eca-Mir-506-P1p-v3 Eca-Mir-506-P2a Eca-Mir-506-P2b3 Eca-Mir-506-P2b4 Eca-Mir-506-P3 Eca-Mir-506-P4a Eca-Mir-506-P4b Eca-Mir-506-P28a Eca-Mir-506-P28b Eca-Mir-506-P28c-v1 Eca-Mir-506-P28c-v2 Eca-Mir-506-P28d1 Eca-Mir-506-P28d2 Eca-Mir-506-P28e1 Eca-Mir-506-P28e2 Eca-Mir-506-P28f1 Eca-Mir-506-P28f2 Eca-Mir-506-P28f3 Eca-Mir-506-P29a1 Eca-Mir-506-P29a2 Eca-Mir-506-P29b Eca-Mir-506-P30a Eca-Mir-506-P30b1-v1 Eca-Mir-506-P30b1-v2 Eca-Mir-506-P30b2-v1 Eca-Mir-506-P30b2-v2 Eca-Mir-506-P30c1 Eca-Mir-506-P30c2 Eca-Mir-506-P30d Eca-Mir-506-P31a Eca-Mir-506-P31b Eca-Mir-506-P31c Eca-Mir-506-P32 Eca-Mir-506-P33a Eca-Mir-506-P33b1 Eca-Mir-506-P33b2 Eca-Mir-506-P34 Eca-Mir-506-P35a-v1 Eca-Mir-506-P35a-v2 Eca-Mir-506-P35b1-v1 Eca-Mir-506-P35b1-v2 Eca-Mir-506-P35b2-v1 Eca-Mir-506-P35b2-v2 Eca-Mir-506-P35c-v1 Eca-Mir-506-P35c-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. caballus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 120891676-120891733 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1m) |
Mir-506-P1p-v2
CM009179.1: 120848454-120848514 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1p-v1 CM009179.1: 120848454-120848514 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1p-v3 CM009179.1: 120848456-120848512 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4b CM009179.1: 120853343-120853400 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b3 CM009179.1: 120853655-120853712 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 CM009179.1: 120863542-120863599 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a CM009179.1: 120869779-120869836 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v2 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v1 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v3 CM009179.1: 120880991-120881047 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1n CM009179.1: 120886562-120886618 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b4 CM009179.1: 120897861-120897918 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUCCCUAGACAUUCUUUUUGUGGUACCCUACUCCAGAGAAUGGCAAUCAUGUAUAACUAAAUGUGAUUGACACUUCUGUGAGUGGAAUAAUGCAUGACUUGUACAACAUAGACGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAUCCCUAGACAUUCUUUU-- GG CC -| AA G GUAUA UGU UA CUACUC CAGAG UG CAAUCAU A ACG AU GGUGAG GUCUU AC GUUAGUG C UAGCAGAUACAACAUGUUCAGU UA AA U^ C- A UAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-506-P1m_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCCAGAGAAUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-506-P1m_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAUUGACACUUCUGUGAGUGGA -58
Get sequence
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