MirGeneDB ID | Eca-Mir-506-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-506-P1m Eca-Mir-506-P1n Eca-Mir-506-P1o-v1 Eca-Mir-506-P1o-v2 Eca-Mir-506-P1o-v3 Eca-Mir-506-P1p-v1 Eca-Mir-506-P1p-v2 Eca-Mir-506-P1p-v3 Eca-Mir-506-P2a Eca-Mir-506-P2b3 Eca-Mir-506-P2b4 Eca-Mir-506-P3 Eca-Mir-506-P4b Eca-Mir-506-P28a Eca-Mir-506-P28b Eca-Mir-506-P28c-v1 Eca-Mir-506-P28c-v2 Eca-Mir-506-P28d1 Eca-Mir-506-P28d2 Eca-Mir-506-P28e1 Eca-Mir-506-P28e2 Eca-Mir-506-P28f1 Eca-Mir-506-P28f2 Eca-Mir-506-P28f3 Eca-Mir-506-P29a1 Eca-Mir-506-P29a2 Eca-Mir-506-P29b Eca-Mir-506-P30a Eca-Mir-506-P30b1-v1 Eca-Mir-506-P30b1-v2 Eca-Mir-506-P30b2-v1 Eca-Mir-506-P30b2-v2 Eca-Mir-506-P30c1 Eca-Mir-506-P30c2 Eca-Mir-506-P30d Eca-Mir-506-P31a Eca-Mir-506-P31b Eca-Mir-506-P31c Eca-Mir-506-P32 Eca-Mir-506-P33a Eca-Mir-506-P33b1 Eca-Mir-506-P33b2 Eca-Mir-506-P34 Eca-Mir-506-P35a-v1 Eca-Mir-506-P35a-v2 Eca-Mir-506-P35b1-v1 Eca-Mir-506-P35b1-v2 Eca-Mir-506-P35b2-v1 Eca-Mir-506-P35b2-v2 Eca-Mir-506-P35c-v1 Eca-Mir-506-P35c-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P4 Dno-Mir-506-P4 Hsa-Mir-506-P4 Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P4 Mmr-Mir-506-P4 Mmu-Mir-506-P4 Ocu-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P4 Rno-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Scrotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 120894697-120894754 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P4a) |
Mir-506-P1p-v2
CM009179.1: 120848454-120848514 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1p-v1 CM009179.1: 120848454-120848514 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1p-v3 CM009179.1: 120848456-120848512 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4b CM009179.1: 120853343-120853400 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b3 CM009179.1: 120853655-120853712 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 CM009179.1: 120863542-120863599 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a CM009179.1: 120869779-120869836 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v2 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v1 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v3 CM009179.1: 120880991-120881047 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1n CM009179.1: 120886562-120886618 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b4 CM009179.1: 120897861-120897918 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACCUGAAGCCAUGCUGUGUGCAGUGCCCUAUUUAGGAAGACGCUAUUCACAUAUACUGUAUUAUGAAGUGUGCCUUUCUGAAUAGUGUAAUGCUCAACGAGUACAACUUCUGUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACCUGAAGCCAUGCUG--| U G C A UA CAUAUA UG GCA UGC CUAUUUAGGAAG CGC UUCA C AC CGU AUG GAUAAGUCUUUC GUG AAGU U UGGUGUCUUCAACAUGAGCA^ U A U C UG AUUAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-506-P4a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUUUAGGAAGACGCUAUUCACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-506-P4a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAAGUGUGCCUUUCUGAAUAGU -58
Get sequence
|