MirGeneDB ID | Eca-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-670 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-670 Cja-Mir-670 Cpo-Mir-670 Dno-Mir-670 Hsa-Mir-670 Laf-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmr-Mir-670 Mmu-Mir-670 Ocu-Mir-670 Pab-Mir-670 Rno-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009159.1: 8541552-8541614 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-670
CM009159.1: 8541552-8541614 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-129-P1 CM009159.1: 8563208-8563271 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCGCAUCCGGUUUAGGGGUGGAUCUGACGUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACCUGAAUUUGCCUUGGGUUUCCUCAUAUUCAUUCAGGAGUGUCAGUUCCCCCUUCACUCACCGUUGGAGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCGCAUCCGGUUUAG--| U U UC U - UG UGAAUU GGG GGA CUGACG CCUGAGUG AUGUG G AACC \ CCC CCU GACUGU GGACUUAC UAUAC C UUGG U AAGAGGUUGCCACUCACUU^ - U GA U U CU GUUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-670_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0013052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACC -24
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-670_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUUCCUCAUAUUCAUUCAGGAGUG -63
Get sequence
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