| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-670 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUCCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-670 Cja-Mir-670 Cpo-Mir-670 Dno-Mir-670 Eca-Mir-670 Hsa-Mir-670 Laf-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmr-Mir-670 Mmu-Mir-670 Pab-Mir-670 Rno-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr1: 183212430-183212493 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-670
chr1: 183212430-183212493 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-129-P1 chr1: 183233898-183233961 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCACAUCUGGUUUAGGGGUGGAUCUGAUGUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACCUGAAUUUGCCUUGGGUUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGUCAGCUGCCCCUUCACGCGGCGCUGGAGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCACAUCUGGUUUAG----| UG AU UC UA - UG UGAAUU GGG G CUGAUG CCUGAGUG UGUG G AACC \ CCC C GACUGU GGACUUAC AUAC C UUGG U GAAGAGGUCGCGGCGCACUUC^ GU -- GA UC U CU GUUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-670_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-670_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGU -64
Get sequence
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