| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-129-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-129-P1 Bta-Mir-129-P1 Cfa-Mir-129-P1 Cja-Mir-129-P1 Cpi-Mir-129-P1 Cpo-Mir-129-P1 Dno-Mir-129-P1 Dre-Mir-129-P1a Dre-Mir-129-P1b Eca-Mir-129-P1 Ete-Mir-129-P1 Gga-Mir-129-P1 Gja-Mir-129-P1 Gmo-Mir-129-P1a Gmo-Mir-129-P1b Hsa-Mir-129-P1 Laf-Mir-129-P1 Lch-Mir-129-P1 Loc-Mir-129-P1 Mal-Mir-129-P1a Mal-Mir-129-P1b Mml-Mir-129-P1 Mmr-Mir-129-P1 Mmu-Mir-129-P1 Mun-Mir-129-P1 Neu-Mir-129-P1 Oan-Mir-129-P1 Pab-Mir-129-P1 Pbv-Mir-129-P1 Pma-Mir-129-o1 Rno-Mir-129-P1 Sha-Mir-129-P1 Spt-Mir-129-P1 Tgu-Mir-129-P1 Tni-Mir-129-P1a Tni-Mir-129-P1b Xla-Mir-129-P1c Xla-Mir-129-P1d Xtr-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr1: 183233898-183233961 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-129-P1) |
Mir-670
chr1: 183212430-183212493 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-129-P1 chr1: 183233898-183233961 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAGCCGGCGGACUCUGCCCUUCGCGAAUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUACAUAACUCAAUAGCCGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGCAUUCGCGGAGGGCGCGCGCAUCGAGACGACGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAGCCGGCGGACUCU-- -| C CU GCUGUACAUAA GCCCUUCGCGAAU CUUUUUG GGU GGGCUU \ CGGGAGGCGCUUA GAAAAAC CCA CCCGAA C GGCAGCAGAGCUACGCGCG C^ C UU GGCCGAUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-129-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-129-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AAGCCCUUACCCCAAAAAGCAU -64
Get sequence
|
