| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-129-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-129-P1 Bta-Mir-129-P1 Cfa-Mir-129-P1 Cja-Mir-129-P1 Cpi-Mir-129-P1 Dno-Mir-129-P1 Dre-Mir-129-P1a Dre-Mir-129-P1b Eca-Mir-129-P1 Ete-Mir-129-P1 Gga-Mir-129-P1 Gja-Mir-129-P1 Gmo-Mir-129-P1a Gmo-Mir-129-P1b Hsa-Mir-129-P1 Laf-Mir-129-P1 Lch-Mir-129-P1 Loc-Mir-129-P1 Mal-Mir-129-P1a Mal-Mir-129-P1b Mml-Mir-129-P1 Mmr-Mir-129-P1 Mmu-Mir-129-P1 Mun-Mir-129-P1 Neu-Mir-129-P1 Oan-Mir-129-P1 Ocu-Mir-129-P1 Pab-Mir-129-P1 Pbv-Mir-129-P1 Pma-Mir-129-o1 Rno-Mir-129-P1 Sha-Mir-129-P1 Spt-Mir-129-P1 Tgu-Mir-129-P1 Tni-Mir-129-P1a Tni-Mir-129-P1b Xla-Mir-129-P1c Xla-Mir-129-P1d Xtr-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_72: 3626366-3626428 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-129-P1) |
Mir-670
scaffold_72: 3601388-3601451 [+]
UCSC
Mir-129-P1 scaffold_72: 3626366-3626428 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAAGCCGGCAGACACUGCCUUUCGCGAAUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUACAUUACUCAUAGCCGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGCAUUCGCGGAGGGCGCUCUCGUCGAGAACGCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAGCCGGCAGACACU-- -| C CU GCUGUACAUU GCCUUUCGCGAAU CUUUUUG GGU GGGCUU A CGGGAGGCGCUUA GAAAAAC CCA CCCGAA C GGCGCAAGAGCUGCUCUCG C^ C UU GGCCGAUACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-129-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046977 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-129-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AAGCCCUUACCCCAAAAAGCAU -63
Get sequence
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